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8 décembre 2005

   

Université Laval

Un saut quantique

Une équipe du CRBF lève le voile sur la moitié du génome de l'épinette blanche

par Jean Hamann

"Un jalon important dans l'histoire de la génétique forestière canadienne et internationale." "Un fait marquant de l'histoire de la recherche forestière québécoise, canadienne et internationale ainsi que de la génomique canadienne non médicale." "Le premier grand catalogue de gènes pour une espèce forestière canadienne." C'est en ces termes aussi enthousiastes que solennels que Jean Bousquet décrit l'article que vient de publier une équipe du Centre de recherche en biologie forestière (CRBF) dans un récent numéro de la revue scientifique BMC Genomics. Le jalon auquel ce professeur fait référence est le séquençage de 16 500 gènes de l'épinette blanche et la détermination des fonctions de 68 % de ceux-ci, réalisés par Nathalie Pavy, Janice Cooke, Étienne Noumen, Carine Guillet-Claude, Jean Bousquet et John MacKay du CRBF, et par 15 autres chercheurs canadiens et américains.

"Jusqu'à tout récemment, on connaissait à peine quelques centaines de gènes de l'épinette blanche, explique le leader du projet Arborea, John MacKay. En deux ans, nous en avons séquencés des milliers. C'est un saut quantique pour cette espèce." Le chercheur attribue cette percée à deux éléments: d'une part, à la mise au point de nouvelles technologies de séquençage à haut débit, et, d'autre part, à un haut débit de financement en provenance de Génome Canada et Génome Québec. Ces deux organismes viennent d'ailleurs d'investir 11,8 M $ dans la poursuite des travaux.

L'épinette blanche compte entre 30 000 et 40 000 gènes, soit autant que l'homme. Par contre, son génome contient trois fois plus de matériel génétique en raison de l'abondance des régions non codantes, ce qui complique le travail de séquençage. Pour contourner ce problème, les chercheurs ont utilisé les ARN messagers, des molécules produites à partir des gènes qui codent pour des protéines. Les ARN messagers sont repêchés de façon aléatoire de sorte que les plus abondants ont plus de chances de tomber dans les filets des chercheurs. "Le séquençage de la deuxième moitié du génome de l'épinette blanche risque d'exiger plus de travail que la première parce qu'il faut trouver les ARN messagers plus rares", souligne John MacKay.

L'équipe d'Arborea a déposé le fruit de son patient travail dans des bases de données publiques ainsi que dans son propre site Web (www.arborea.ulaval.ca). "Nous rendons ces données accessibles à tous les chercheurs de façon à faire progresser les connaissances en génomique forestière, explique John MacKay. Comme la Commission Coulombe l'a souligné, nos connaissances fondamentales de la génétique des arbres sont encore trop limitées."

Le professeur MacKay et ses collègues espèrent que leurs travaux serviront à améliorer certaines caractéristiques des arbres, de façon à rendre l'industrie forestière canadienne plus compétitive. Dans le cadre de la phase 2 du projet Arborea, ils tenteront d'ailleurs d'identifier des marqueurs grâce auxquels il sera possible de sélectionner des épinettes dotées de qualités intéressantes sur le plan de la qualité du bois et de la croissance. "Présentement, il faut faire pousser un arbre pendant plus de 20 ans avant de pouvoir se prononcer sur ses qualités. Grâce aux marqueurs génétiques que nous allons identifier, nous pourrons être fixés dès la première année de vie de l'arbre."